マイクロアレイ受託解析／Affymetrix (新･Applied Biosystems‎) GeneChip受託解析

マイクロアレイを使用した論文の中でも突出した論文数を誇る「Applied Biosystems (旧・Affymetrix) GeneChip」の受託解析サービスを実施しています。
ジェネティックラボはメーカー公認のサービスプロバイダーです。

研究用途に合わせて、3種のツールをご用意しています。

(1) 発現解析

vs病態モデル群, vs開発品投与群などの網羅的遺伝子発現変化の研究に

遺伝子発現	対応生物種 / 遺伝子数		特徴
Clariom D	ヒト	134,700以上	エクソンレベルの発現解析 Non-Cording, Splicing-Isoformの検出
	マウス	66,100以上
	ラット	68,900以上
3’IVT	ヒト	47,000以上	突出した文献数多数の生物種に対応
	マウス	39,000以上
	ラット	30,000以上
	その他27生物種ウシイヌニワトリブタアカゲザルアフリカツメガエルニシツメガエルゼブラフィッシュ酵母線虫マラリアショウジョウバエシロイヌナズナシトラスコットントウモロコシタルウマゴヤシ/ ムラサキウマゴヤシポプライネダイズサトウキビトマトブドウコムギ大腸菌緑膿菌オオムギ
Gene 2.0 ST	ヒト	40,716	当社人気No.1 アノテーション済み遺伝子に特化多数の生物種に対応
	マウス	35,240
	ラット	28,407
	その他22生物種シロイヌナズナウシイヌ線虫ニワトリカニクイザルカニクイザル＋アカゲザルウマネコモルモットマーモセットタルウマゴヤシヒツジブタウサギアカゲザルライス-US ライス-JP ライス-CN ダイズキンカチョウゼブラフィッシュ
Clariom S	ヒト	20,800	低価格アノテーション済み主要遺伝子をカバー
	マウス	22,100
	ラット	22,900
miRNA v4.0	ヒト,マウス,ラットを含む203の生物種を1アレイに搭載一覧を見る（PDF）	ヒト：成熟型2,578, 前駆体2,025 マウス：成熟型1,908, 前駆体1,255 ラット：成熟型728, 前駆体490

※その他、発現解析アレイについてはお問い合わせください。

(2) コピー数解析

遺伝子発現	対応生物種 / マーカー数		特徴
CytoScan HD	ヒト	2,600,000以上	高解像度（平均マーカー間隔880bp）な遺伝子コピー数異常検出メーカー提供referenceデータとの比較を行うため、referenceサンプルの提供不要 referenceデータ（多人種or日本人のみ）は目的に合わせて選択可能 SNPマーカーもデザインされているためLOHの検出も可能
CytoScan 750K	ヒト	750,000以上	CytoScan HDから主要プローブ抜粋したアレイ設計低価格

(3) ゲノム安定性評価

再生医療等製品の開発、製造工程での品質の確認に
iPS細胞作製時、継代時などG-Band（FISH）による評価前のスクリーニングに

遺伝子発現	対応生物種 / マーカー数		特徴
KaryoStat HD	ヒト	2,600,000以上	高解像度（平均マーカー間隔880bp）な遺伝子コピー数異常検出 OMIMやISCAなど多様なデータベースを基にアレイ設計
KaryoStat	ヒト	750,000以上	KaryoStat HDから主要プローブ抜粋したアレイ設計低価格

【GeneChip マイクロアレイとは】

なぜApplied Biosystems（旧 Affymetrix）のアレイが選ばれるのでしょうか。

DNAアレイには国内外のメーカーから様々なプラットフォームが製造販売されています。しかし、現在市場に出回っている製品はほぼ、数社の主要なメーカーのプラットフォームに収束しています（※１）。中でもApplied BiosystemsのGeneChipは、その最上位のDNAアレイです。

世界最大の遺伝子発現データベースであるThe Gene Expression Omnibus (GEO) （※２）にはマイクロアレイを含めた遺伝子発現の膨大なデータが登録されています。

GEOのデータベースに登録されているデータセット数は、illumina（57,397件）、Applied Biosystems（56,954件）、Agilent（30,007件）、Nimblegen(7,573件)の順となっており（※３）、Applied Biosystemsは2トップのうちの1つとなっています。

過去のデータとの比較の点から、データベースで優占的なプラットフォームを選択することは、研究者やその所属機関にとっては自然なことです。同じ理由で、すでにGeneChipを使用しているユーザーも他社に乗り換えることは少ないと思われます。

近年の次世代シーケンサーの普及によりアレイ解析が必要なくなるという意見も聞かれますが、解析にかかるコストやデータの質や量の違いなどから二つの解析手法が同じ領域で競合するものではないと言えます。

今後のアレイ解析はPCRやシーケンスと同等の低コストの研究インフラの一つになる方向へ向かっていると考えられます。

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